Показаны сообщения с ярлыком dna. Показать все сообщения
Показаны сообщения с ярлыком dna. Показать все сообщения

понедельник, 10 февраля 2020 г.

Читаю книги по истории науки

Прочитал две автобиографии: “What Mad Pursuit” Фрэнсиса Крика и “The Third Man of the Double Helix” Мориса Уилкинса. Я дважды читал “Двойную спираль” Джима Уотсона – вначале по-русски, а потом по-английски – и каждый раз был очень впечатлен. А вот сейчас появилось желание взглянуть на казалось бы известную историю открытия структуры ДНК глазами других участников.

Книга Крика мне тоже очень понравилась: он оптимист, сыпет анекдотами и мыслит глобально. А вот Уилкинс и пишет занудно, и оказался вообще несколько пришибленным персонажем (другие читатели в своих отзывах используют слово self-effacing). Так ноет, будто это ему в итоге не дали Нобелевскую премию. И по мере чтения у меня появилось желание, чтобы ему ее не дали. Пусть лучше бы третьим включили Эрвина Чаргаффа, который экспериментально установил, что в ДНК примерно одинаково цитозинов + гуанинов и тиминов + аденинов. Тем более, что премию дали по физиологии и медицине, поэтому можно было бы упирать на биологическое значение нуклеотидных пар, а не на спиральность молекулы.

Крик, кстати, истории ДНК уделяет относительно мало глав, потому что Уотсон и так все написал. По утверждению Крика история установления структуры коллагена – который составляет треть от всех белков в нашем организме – была не менее драматическая и запутанная, как с точки зрения науки, так и человеческих взаимоотношений. И Крик в ней тоже тоже принимал участие, но не нашлось своего “доктора Уотсона”, который описал бы в красках коллагеновую эпопею. Ну, или не нашлось такого персонажа как Розалинд Франклин, которую первой вспоминают сейчас, когда заходит речь о книге Уотсона, и о которой бы почти никто не знал, если бы Уотсон не написал свою книгу. Или написал ее в виде сухого отчета, а не литературного произведения со свойственными литературе преувеличениями ради драматического эффекта.

Крик пишет, что никто Франклин не обижал, и если кто-то был против того, чтобы она занималась наукой, так это ее богатая еврейская семья, которая считала, что Розалинд лучше выйти замуж и воспитывать детей. Уилкинс прямо пишет, что главная цель его автобиографии – оправдаться перед феминистками, которые сделали его главным злодеем. Он ее не убивал. Она сама умерла от рака в 37 лет (уж не знаю, сказалась ли тут ее работа по рентгеновскому изучению угля и вирусов). И если бы она прожила дольше, то сама успела бы написать, как все было на самом деле и что она ни на кого зла не держит. Что он, Уилкинс, начал исследовать ДНК до того, как Розалинд присоединилась к их лаборатории, и продолжил после того, как она ушла. Что Розалинд Фраклин была одной из многих его коллег в King’s College London, которые работали над структурой ДНК. Но все помнят почему-то только ее.

Крик и Уилкинс – заинтересованные лица, я не могу им однозначно во всем верить. Но я согласен, что проживи Розалинд Франклин дольше, у нее не было бы ореола мученицы за науку. Если бы даже ее не включили в Нобеля 1962 года, ей бы с большой вероятностью дали Нобеля в 70-80-е (в 1982 году НП по химии получил Аарон Клуг, с которым она продолжила работать над вирусами после перехода из King’s College в Birkbeck College). Например, очень мало, кто знает о Дороти Кроуфорд-Ходжкин, которая тоже была женщиной-кристаллографером, но при этом прожила долгую жизнь, была профессором в Оксфорде, получила Нобеля, родила троих детей и установила структуру моего любимого витамина B12.

А о Розалинд Франлин, окончившей жизнь трагически в 37 лет (как Пушкин или ваг Гог), пишут пьесы и называют в ее честь марсоходы. (Но марсоход запустят только этим летом, и он еще может разбиться при посадке на Марс, как предыдущий российско-европейский аппарат “Скиапарелли”). И в наше приложение об Известных людях (iOS, Android) мы ее тоже включили, потому что каким бы ни был ее научный вклад, в общественном сознании она стала известным ученым:


Параллельно чтению книг, я, наконец-то, прочел три классические статьи в Nature от апреля 1953 года. Первая Крика и Уотсона – очень четкая и понятная. А если говорить о том, что не раздается должный кредит, то Уилкинса и Франклин они как раз в статье благодарят, а вот то, что иллюстрацию со структурой ДНК нарисовала жена Крика Одайл, которая была художницей, нигде не указано:


Статью Уилкинса я решительно не понял, хотя после чтения этих книг у меня прибавилось знаний о том, что собой представляет рентгеноструктурный метод. Статья Фраклин чуть понятнее, но все равно я не могу объяснить, что они видят на вот этих картинках:


Это знаменитая “фотография 51”, которую Уилкинс якобы украл у Франклин и показал Уотсону. Начнем с того, что не сама Франклин сняла эту фотографию, а ее аспирант Рэймонд Гослинг, который догадался намотать ДНК на канцелярскую скрепку. С кристаллами они не работали, о том, чтобы увидеть отдельные атомы и речи не шло (окончательно, что ДНК – двойная спираль, подтвердят только в 1980-е, когда появятся компьютеры и соответствующие приборы), изучали некую упорядоченность в “паракристаллическом” состоянии.

И когда Франклин собралась уходить из King’s и передать Гослинга обратно под руководство Уилкинса, она разрешила показать ему неопубликованные данные. И в результате это фото будет опубликовано именно в статье под именами Фраклин и Гослинга (кто помнит Гослинга?), а не Крика и Уотсона. Насколько неэтично было показывать неопубликованные данные Уотсону – другой вопрос. А я вот скажу, что неэтично сидеть на экспериментальных данных и не публиковать их. Хотя бы по отношению к собственным студентам, которые эти данные получили и имеют право на публикацию. В современном мире я вполне отстаиваю подход, что экспериментальные данные должны выкладываться онлайн в реальном времени, а потом историки разберутся, кто был первым. (Эти три статьи, кстати, были опубликованы без peer review в рекордно короткие сроки, потому что самый большой руководитель Уилкинса и Франклин – сэр Джон Рендалл – состоял в одном клубе с главным редактором Nature; arxiv.org тогда не было).

Крик в своей книге размышляет, что если бы Уотсона прибило теннисным мячом, то он сам один не стал бы разгадывать структуру ДНК. Он вообще был тогда всего лишь аспирантом, работающим над структурой белков, а не нуклеиновых кислот. Но ее не установила бы Франклин, потому что у нее и так были все данные, но она решила перейти в другой колледж на другой проект. Не установил бы и Лайнус Полинг, потому что он уже опубликовал свою структуру ДНК (неправильную) и был ей вполне доволен. Крик предсказывает, что в таком случае до структуры ДНК через 2–3 года допер бы Уилкинс.

И сам Уилкинс, как бы в ответ, сокрушается, что если бы они с Франклин работали так же дружно, как Крик работали с Уотсоном, то они бы еще раньше нашли правильную структуру: у Франклин была фотография, и она рисовала двойную спираль в своих черновиках, а Уилкинс думал о правиле Чаргаффа и объединении нуклеотидов в пары. Но Франклин думала, что Рендалл полностью передал ей проект по ДНК и не хотела ни с кем кооперировать. А Уилкинс боялся Франклин и не мог даже попросить у нее ДНК для своих опытов.

Он, как я уже сказал, был несколько пришибленный. Состоял в студенческие годы в коммунистической партии и вышел только в 1939 году, когда после нападения СССР на Польшу и Финляндию быть за коммунистов стало совсем стыдно. Но и потом всю жизнь боролся за мир, ходил на демонстрации и подписывал петиции. При этом увлекался искусством и ходил к психоаналитику. Когда его занесло в Южную Америку, он не отправился ловить гигантских кальмаров, сперма которых особенно подходила для изучения ДНК, а вместо этого отправился в Куско и Мачу-Пикчу любоваться керамикой инков.

В начале 50-х структуру ДНК вообще много кто предлагал. Был в King’s College австралийский студент Брюс Фразер, который раньше всех предложил структуру в виде спирали с фосфатами снаружи и нуклеиновыми основаниями внутри, держащимися водородными связями. Но это была тройная спираль, а не двойная. Так ему сказал Уилкинс на основании содержания воды и плотности ДНК. Эту модель видели и знали и Крик, и Уотсон, и Франклин, но вот сделать шаг от тройной спирали к двойной не могли. И Уилкинс удивляется, как так никто не догадался. Но вот так. На модель Фразера Крик и Уотсон ссылаются в своей статье как “(in press)”, но на самом деле манускрипт Фразера был опубликован только в 2004 году, когда был найден после смерти Уилкинса в его бумагах. И кто сейчас знает Брюса Фразера и его модель?

А кто мешал Крику и Уотсону додуматься о том, что между гуанином и цитозином должно быть три водородных связей, а не две? Сейчас, когда мы знаем правильный ответ, она там так и просится. Но они публиковали свои ранние статьи с двумя связями и между A и T, и между C и G:


Но модель Крика–Уотсона стала символом биологии, если не науки вообще. При этом я, прочитав столько всего на эту тему, затруднюсь сказать, что сделал Крик, а что Уотсон. Если эта история меня чему-то учит, то тому, что не надо бояться коллаборировать. А важным выводом из книги Крика было то, что эксперимент все же рулит. С ДНК им удалось построить теоретическую модель, но когда Крик потом попытался так же одной только мозговой работой разгадать генетический код – как информация, закодированная в ДНК, передается в белки – ему это не удалось. Какие бы красивые с математической и физической точки зрения теории он ни предлагал, они оказались неверными. Генетический код расшифровали другие люди экспериментальными методами, и логики в нем оказалось не так много: до сих пор ученые пытаются понять, есть ли она вообще, или то, какой аминокислоте какой кодон соответствует – дело слепого случая.

Когда Крику исполнилось 60 лет, он отправился в Сан-Диего в Salk Institute изучать мозг. В нейробиологии он не разбирался, но понимал, что надо браться за большие задачи. Будучи “архиредукционистом” он предсказывал, что как биология превратилась на его веку в молекулярную биологию, так и психология через 20–30 лет превратится в молекулярную психологию. Психологам виднее, так это или нет, но я вот почитал о молекулярных основах памяти, и ясной картины не вижу. Понятно, что все наши мысли, воспоминания и сознание хранятся не в волшебной душе, а в виде распределения мембранных белков, метилированной ДНК и концентрации ионов кальция в наших мозгах. Но вот детали ученые пока так и не знают, мучают током улиток, потому что 10 тысяч нейронов изучать проще, чем 100 миллиардов. И вот тут много еще будущих открытий и Нобелевских премий таится.

Об открытии ДНК много книг написано (в частности несколько биографий Розалинд Франклин), и их продолжают писать и писать. Но я решил, что надо временно переключиться и нашел в Seattle Public Library в электронном виде книгу другого Нобелевского лауреата Венкатрамана Рамакришнана “Gene Machine” об установлении структуры рибосомы. Это уже более современная история, и мне самому ближе и понятнее читать о человеке, который приехал из Индии в США получать PhD в захолустном универе в Огайо, чем о выпускниках Кэмбриджа 1930–40-х годов.

пятница, 7 августа 2015 г.

Три истории о советской цензуре

1. В пятницу вечером имею право почитать и написать что-нибудь для души. Передо мной на столе лежит книга британского ученого Майкла Суона “Practical English Usage”, изданная в Moscow Vysšaja Škola (what???) в 1984 году (тоже символично).


Купил я ее, конечно, не тогда, когда она стоила 2 р. 10 к., а 1 апреля 2006 года за 50 рублей в магазине “Старая книга” на Васильевском острове, о чем у меня на форзаце даже сделана запись. Как и о том, что 20 октября 2007 года книга прибыла по почте в Pittsburgh, PA (зачем-то из всех своих книг именно ее я попросил прислать - наверно, собирался совершенствовать свой английский).

В общем, перед нами довольно уникальная книга в том, что она полностью написана на английском (кроме предисловия), но издана в СССР - “текст книги воспроизводится по изданию фирмы “Оксфорд Юниверсити Пресс” (Великобритания), 1980”, “is for sale in the USSR only”. В остальном книга как книга: по 639 статьям в алфавитном порядке разобраны некоторые типичные ошибки и сложные места в употреблении английских слов с примерами. Когда-то я их все читал. И вот тут недавно взял книгу с полки, положил рядом с компом, чтобы было что почитать, пока тот тормозит. Открываю на случайной странице и ищу, что я не знаю.

Глава 50 называется “among and between”. So far so good. Пока я не дохожу до последних примеров:
Among the first to arrive was the Fantasian ambassador.
He has a number of novelists among his friends.


Если со вторым все ясно, то who the fuck is the Fantasian ambassador? Это из какой-то книжки Свифта или Дефо? Что это за посол Страны Фантазия? Итак, я нашел, что я не знаю, начинаю разбираться, и Гугл мне в помощь. Находятся только ссылки на перепечатанный из этой же книги Суона пример. Но тут мне бросается в глаза, что второе предложение, следующее за послом, выглядит не так, как в моей книге: He has a number of criminals among his friends. (См., например, здесь). С какой стати романисты стали преступниками?

Или это преступники стали романистами в советском издании? То, что я нахожу эти примеры со словом “novelists”, но исключительно на русскоязычных сайтах, подтверждает мою загадку. Так и представляется, как в суровый для нашей Родины 1984 год ответственные редакторы канд. филол. наук доц. Л. А. Бармина и канд. филол. наук доц. И. П. Верховская шерстят книгу аглицкого ученого на предмет неблагонадежных цитат и примеров. Я хоть и пошел в школу уже в 1992 году, а английский у нас был с 5 класса, но учебники у нас все еще были про семью Stogovs с komsomol и kolkhoz. И я охотно верю, что советские ответственные редакторы не могли позволить себе перепечатать вражескую книгу с точности до запятой. Какие еще criminals в друзьях? Если бы kolkhozniks, то другое дело. Но пусть будут нейтральные novelists.


С другой стороны, может быть, это просто издания разные? В советскую книгу попало множество примеров не лучше: “According to Joan, her boss is a tyrant”; “Each sex has its own physical and psychological characteristics” и даже “Gold can’t be dissolved in hydrochloric acid”.

Но нет, вот даже арабский форум пишет про “criminals among his friends”. Ай-яй-яй, вот ругаем саудитов за их цензуру и антиамериканизм, а они ничего в английских книгах - в отличие от совков - не меняют! Но получилось, конечно, как в анекдоте про “один кофе и один булка”. На той же арабской странице я перескакиваю уже на третий пример в этой главе: оригинальный “She was sitting between John and Sebastian” (здесь наши ничего не меняли), у доблестных арабов превратился в политически верный: “He was sitting between Ali and Mohammed” (см. ту же ссылку, в самом верху). Ну, конечно, кто же “ей” позволит сидеть между мужиками.

Вы решите, что у меня совсем много свободного времени (что не так уж далеко от истины), но мне очень нравятся раскапывать такие штуки. Я пошел искать оригинальное издание Суона. В сети лежит полулегальный пдф, но уже 3-го издания 2005 года “Printed in China”. За 20 лет мир и книга сильно изменились. В примерах появились CDs и EU, а “among and between” стал “between and among”. Смотрю 120-ю страницу этого файла: He has a number of criminals among his friends. Так, значит, новеллисты - это все же советская пропаганда. Ну, конечно, писатели - это еще тот народ: вначале жжем еду, потом будем жечь блоги, потом - блогеров.

Among the first to arrive was the ambassador. Волшебная Страна Фантазия (™), с которой началось мое путешествие, кануна в Лету, оставив дженерик посла, который никогда не возбудил бы мой интерес. И в ногу со временем порабощенные женщины Востока встали с колен, и теперь самый первый пример читается как: “She was standing between Alice and Mary”. Наверняка, Джоан сама стала боссом, никто уже не пишет про неравенство полов, и только лишь золото все еще не растворяется в соляной кислоте.

2. Химия и сексизм отправляют меня к книге Дж. Уотсона “Двойная спираль”, которую я недавно перечитал на английском. На первых курсах универа я читал ее по-русски, и мне жутко понравилось. Вот это наука, а чем мы занимаемся - это ерунда. И как здорово все описано. Но со временем мне все чаще попадалось мнение, что Уотсон - человек нерукопожимаемый, что он в книге высмеивает Розалинд Франклин и принижает ее вклад. Я решил перечитать классику с позиции тридцатилетнего мужчины с ПхД. На этот раз по-английски. И мне снова понравилось ;) Уотсон там всех высмеивает, и в первую очередь самого себя. Конфликт с Франклин показан именно для того, зачем в романах бывает конфликт, - чтобы их было интересно читать. Уотсон много раз подтверждает, что Франклин внесла существенный вклад в установление структуры ДНК и что в итоге они стали хорошими друзьями.

Но речь, конечно, не об этом, а о советской цензуре. В начале Главы 17 описывается ситуация, когда маккартистская Америка отбирает паспорт у Лайнуса Полинга. Вот, как переведены слова Уотсона в советском издании 1969 года: “Однако нагрянуть в Лондон Лайнусу помешали. Его поездка оборвалась в нью-йоркском аэропорту Айдл-уайлд, где у него отобрали паспорт. Госдепартамент не желал, чтобы смутьяны вроде Полинга разъезжали по свету и говорили всякие гадости о политике бывших банкиров, сдерживающих орды красных безбожников.” So far so good: “the hordes of godless Reds” переведены правильно. Idlewild - это, кстати, нынешний JFK.

Но дальше у Watson’а я читаю: “The failure to let one of the world's leading scientists attend a completely nonpolitical meeting would have been expected from the Russians. A first-rate Russian might easily abscond to the more affluent West. No danger existed, however, that Linus might want to flee.” А это как перевели?

Да никак! “Не пустить одного из ведущих ученых мира на совершенно чуждую политики конференцию - этого никто не ожидал.” И все. Ожидали, и еще как. Но не от американцев. И справедливо ожидали, судя по переводу.

Вот так читаешь-читаешь знакомые с детства строки, а потом оказывается, что добрый дядя (или тетя) цензор, прошлись по ним своей красной безбожной бритвой. Что приводит нас к третьей истории.

3. Есть у Льва Николаевича Толстого коротенький рассказ “Филипок”. У меня в детстве была иллюстрированная книжка. Не эта, но похожая. Фраза: “Назад идти - опять собака заест, в школу идти - учителя боится” - идеально ложится на мои собственные детские (да и не только детские) страхи. Поэтому книжку я читал не один раз, и знал рассказ почти наизусть.

Сидя в Америке, книжку из детства не полистаешь, и каково же было мое изумление, когда в академическом варианте я прочел неизвестную мне концовку:

“— Молодец,— сказал учитель. — Кто же тебя учил читать?
Филипок осмелился и сказал: Костюшка. Я бедовый, я сразу все понял. Я страсть какой ловкий! — Учитель засмеялся и сказал: а молитвы ты знаешь? — Филипок сказал: знаю,— и начал говорить Богородицу; но всякое слово говорил не так. Учитель остановил его и сказал: ты погоди хвалиться, а поучись.
С тех пор Филипок стал ходить с ребятами в школу.”

Стоп-стоп-стоп. В моей детской книжке не было никаких богородиц. Не было и молитв. И про школу не было сказано: “Школа была за селом у церкви”. Она была просто за селом.

Неужели и русского классика порезала проклятая советская цензура? Кого же она тогда не порезала? Я же теперь даже “Колобка” не смогу читать, не думая о том, что “материал пособия подвергся незначительным сокращениям” и что “власти скрывают”. Но я на самом деле всегда так читаю. Есть своя особенность у выросших в 90-е, когда в головах и телевизорах варился идеологический винегрет. Это сейчас за подобные вещи скажут: “Садись, двойка!” (то есть посиди-ка, дружок, “двушечку”), а тогда не было у нас ни лидера, ни скреп, ни Крыма, ни национальной идеи.